1) Sbucciate le cipolle, tagliatele a metà e riducetele a fette sottilissime. Sciogliete il burro in una casseruola, aggiungete i rametti di timo legati con la foglia di alloro, gli spicchi d'aglio in camicia (non sbucciati) e le cipolle e lasciate stufare dolcemente gli ingredienti per 5-6 minuti.
2) Spolverizzate le cipolle con la farina, mescolate, versate il brodo bollente e il vino e regolate di sale. Proseguite la cottura a pentola semi coperta e su fuoco dolcissimo per un'ora e 15 minuti. Lasciate riposare la zuppa a fuoco spento per 30 minuti, quindi eliminate il mazzetto di erbe aromatiche e gli spicchi d'aglio.
3) Tagliate la baguette in 12 fettine. Suddividete la zuppa in 4 ciotole, adagiate in ognuna 3 fettine di pane, cospargete con il gruyère grattugiato e passate le ciotole sotto il grill del forno per 6-7 minuti fino a che il formaggio inizia a dorare. Profumate con una macinata di pepe e servite.